与此同时，北伐军内部不光是战略方案出现了问题，就连迁都的问题，也出现了不同的声音。
国党中央党部与国民政府决定迁都武汉，毕竟武汉三镇作为九省通衢之地，又位于整个中国中部，本就是吴配孚选择的大本营，自然有其中的道理。
但是此时武汉三镇处于第八军唐升智的占领之下，守城部队大都不是总司令的嫡系，总司令非常害怕，于是，他向中央党部提出意见，要求把广州国民政府迁都至其嫡系部队控制的南昌，便于总司令掌控中枢。
军事上有意见分歧，政治上也有矛盾，但是此时总司令麾下兵力已超过30万，话语权贼重，于是他决定在南昌总司令部内主持召开最高军事会议。
12月29日，李云龙本欲率领第18军继续向前逼近杭州，奈何总司令一封急电，急召他回南昌参加军事会议，他不得不命令部队停下脚步，就地休整，自己亲率亲卫队返回南昌。
12月31日夜，除了第八军军长唐升智，其余各军主将，以及国幼人员，全部返回了南昌。
1927年1月1日，南昌最高军事会议在总司令部内召开，参会人员包括第一军军长何应亲、第二军军长谭延凯，第三军军长朱培得，第六军军长程前，第七军军长李宗人，第十八军军长李云龙，以及司令部参谋长白崇喜，国幼代表张静姜等人。
南昌会议整整讨论了七日，最终达成了三项核心决议。
在军事战略方面，总司令否定了唐升智、邓引达等人“先行北上”的方案，确定“何应钦等人先定东南，再图中原”的战略总方针。
同时，把北伐军全军编为东、中、西三路，东路由何应亲任总指挥，白崇喜任前敌总指挥，下辖第1军、第17军、第19军和第26军，共计6万余人，从福建，浙江南部出兵，率先攻打杭州、上海，在会同中路军进攻南京。
中路军由总司令亲自节制，分为江左、江右两军，江右以程前为总指挥，率领第2，第6，第40军沿长江南岸推进。
江左则以李宗仁为总指挥，率领第7军，第10军，第18军沿长江北岸推进，最后与江右、东路军会合，攻取南京。
西路军则以唐升智为总指挥，下辖第8、第35、第36军等，共约