就在这片来之不易的蔚蓝逐渐成为第三新东京市一道象征性的希望景观时，刺耳的防空警报毫无预兆地再次撕裂了城市的宁静。
第五使徒，以它那庞大且充满压迫感的巨大形态，坚定不移地朝著NERV总部的方向推进。
命令下达，碇真嗣再次被要求进入初号机。
与以往那种几乎是拖著脚步走向插入栓的状态不同，这一次，他虽然依旧沉默，但动作间少了几分明显的抗拒，多了一丝近乎麻木的服从效率。
初号机启动，同步率读数稳定上升，甚至比以往的平均水平高出了一截，显示出驾驶员与机体之间某种难以言喻的、更紧密的连接。
战斗在都市废墟间展开。
初号机与使徒猛烈交锋，爆炸与冲击波不断撼动著周围的建筑。
然而，当指挥中心的分析员急促地报告，使徒的修正行进路线将不可避免地经过那片正在复苏的海湾一第九研究所所在的海洋生态修复区时，一直保持沉默的碇真嗣，在通讯频道里突然开口了。
他的声音不再是往常那种细若蚊蚋、充满不确定的语调，而是带上了一种清晰的、几乎是本能的急切：「不行！不能让它去那边！」
几乎在话音落下的同时，初号机的动作陡然变得激烈起来。
它不再是被动地应对使徒的攻击，而是主动地、甚至有些莽撞地加强了攻势，用身体和装甲硬生生地卡位，试图将第五使徒逼离那个方向。
他嘴里无意识地、反复地念叨著，像是在给自己打气，又像是在向某个看不见的对象解释：「那里————是大家努力才变蓝的海————」
「田中所先生、铃木小姐他们————每天都在记录数据————」
「还有那些刚活过来的鱼和珊瑚——————不能————不能让它们再变回红色！」
「要守住————必须守住————」
这种前所未有的、带著明确守护目标的战斗意志，清晰地反映在初号机的动作和飙升的同步率数据上。
他不再仅仅是因为命令或恐惧而战斗，而是为了一个他能看见、能理解、并且真切地感到珍贵的「东西」在战斗。
那片蔚蓝的海域和陈瑜博士所代表的、缓慢而坚定地「修复」世界的努力，此刻成了他握紧操纵杆、直面使徒的、一个具体而微小的理由。
而此时，在第九研究所内，紧急疏散指令已经下达。
大部分工作人员在田中所和铃